我终于找到一个可以在用电脑在 pdf 上做笔记的软件了，xournal++ ( https://xournalpp.github.io ), cross-platform & open source, 主要是方便需要用笔写写画画的人，笔上自带的橡皮擦也可以用，还有一些其他的方便功能比如嵌入 LaTeX 公式，页面上有介绍。保存文件的时候会有一个 .xopp 和一个 .pdf 文件，.xopp 才是笔记，要 export 才会在 pdf 里嵌入笔记，那之后就不能再擦笔记了。
简直难以置信，我上谷歌搜了一圈都找不到任何一款软件满足“用电脑在 pdf 上做笔记”这个简单的要求，关键词要么忽略电脑，要么忽略 pdf，要么就把做笔记理解成高亮，下划线，在气泡里打字。。Mac 自带的 Preview 明明有手写功能，但是它非要多此一举给识别成矢量，没办法写字。